发酵菌种有很多种，常见的包括：
1. 酵母菌，如面包酵母、酒酵母等。
2. 乳酸菌，如乳酸杆菌、嗜酸乳杆菌等。
3. 醋酸菌，如乙醋酸菌、醋酸杆菌等。
4. 曲霉菌，如黑曲霉、红曲霉等。
5. 微生物混合菌，如酵母和乳酸菌复合菌、曲霉和乳酸菌复合菌等。
不同的发酵菌种可以应用于不同的食品制作过程，如酒、面包、酸奶、醋、豆腐等。
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